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ハードディスクにデータを記録するためには、どのように記録するのか、といったルールを決めておく必要があります。
ファイルのサイズやファイル名の一覧などを記録しておく場所を、あらかじめ決めておくのです。
データが記録されている場所を示す方法などが決められていないと、ディスクの中のどの場所にデータを読み書きしたらよいのか、わからないのです。

ＣＤやＤＶＤに関しては、読み書きに関する規格、つまりファイルシステムの規格が標準化されています。
例えばデータ用のＣＤ－ＲＯＭなら「ＩＳＯ９６６０」が基本となっています。
データ用のＤＶＤの場合は、「ＵＤＦ」という規格があります。
対して、ハードディスクにおいては、使用するＯＳによってファイルシステムの規格はまったく異なっています。
同じＷｉｎｄｏｗｓでも、Ｗｉｎｄｏｗｓ９８／ＭｅとＷｉｎｄｏｗｓ２０００／ＸＰとでは異なります。

通常、ハードディスクは通常パソコン内に組み込まれ、パソコンにインストールされたＯＳによって稼動されるものです。
そのため、インストールされたＯＳが最も効率よく機能できるように、ＯＳにあわせたファイルシステムを組み込むのです。

市販されているハードディスクは、ＷｉｎｄｏｗｓでもＭａｃでも問題なく利用できます。
まっさらな状態のハードディスクに各ＯＳが自分用のファイルシステムを組み込むからです。

そのファイルシステムを組み込む作業をフォーマットといいます。